Anciennement dénommée EPB (Ecole Pastorale Baptiste) puis ESBTAO (Ecole Baptiste de Théologie de l’Afrique pour l’Afrique de l’Ouest), l’institution fut créée en 1971 avec comme vision primitive de former des pasteurs pour l’église baptiste en implantation au Togo. Cette vision évolua de l’étape nationale à l’étape internationale depuis 1977 où le nom se changea en EBTAO avec comme vision de former des pasteurs et responsables pour les églises baptistes dans toute l’Afrique de l’Ouest. Depuis 1999 la Mission Baptiste a laissé l’école sous la conduite d’un leadership africain. Le conseil formé par les Africains décida d’élever le niveau de formation en mettant en place deux programmes : Baccalauréat et Licence en Théologie, qui durent chacun trois ans. Aussi, dès cette année, l’école fut également ouverte à toutes les dénominations évangéliques. Ces dernières décisions visent à faire face au grand défi de besoin de formation au sein des églises en Afrique. Depuis 1999, environ 244 personnes de 13 dénominations et de 11 nationalités ont été formées ou sont en formation dans les deux programmes (Baccalauréat et Licence en Théologie).
En plus de cela, la plupart de nos programmes peuvent être suivis en des cours du jour ou cours du soir. Un régime semi-résidentiel est disponible pour le programme de Licence en théologie. Ce programme concerne les personnes qui sont loin et qui ne peuvent venir s’installer à Lomé. Ce programme se déroule en sessions intensives de sept (7) semaines deux fois par an, pour trois (3) à quatre (4) ans.
Afin de répondre aux besoins des églises, des programmes légers de certificats ont été conçu pour former les chrétiens pour divers services dans les églises : La direction du Culte, la prédication, l’Evangélisation, le monitorat et le ministère des enfants, etc.….
En 2014, nous avons lancé un programme d’études à distance nommé le Certificat de Connaissances Théologiques Fondamentales (CCTF).